Huyện Pác Nặm được thành lập năm 2003 theo Nghị định số 56/2003/NĐ-CP ngày 28 tháng 5 năm 2003 của Chính phủ. Theo đó, huyện Pác Nặm được thành lập trên cơ sở 47.364 ha diện tích tự nhiên và 26.131 nhân khẩu của huyện Ba Bể. Huyện Pác Nặm có 10 đơn vị hành chính trực thuộc, gồm các xã: Công Bằng, Giáo Hiệu, Nhạn Môn, Bằng Thành, Bộc Bố, Cao Tân, Nghiên Loan, An Thắng, Xuân La, Cổ Linh.